¿Cómo importar RDKIT en Google Colab en estos días? -- importerror campo con rdkit campo con google-colaboratory camp Relacionados El problema

How to import rdkit in google colab these days?


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  !wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh !chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh !time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local !time conda install -q -y -c conda-forge rdkit  import sys sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')   

: El código de & lt; Instalación de RDKIT en Google Colab & gt;

El código anterior es una de las soluciones de otro artículo en StackOverFlow en la importación 'RDKIT' en Google Colab, pero no funcionó para mí con este mensaje de error:

from rdkit import Chem

  ImportError: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by /usr/local/lib/python3.7/site-packages/rdkit/DataStructs/cDataStructs.so)   

¿Alguien sabe cómo resolver este importunror: `glibcxx_3.4.26 'no encontrado problema? ¡Sinceramente necesito ayuda! Big thx!

Original en ingles
!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh !chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh !time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local !time conda install -q -y -c conda-forge rdkit  import sys sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/') 

: The code from <Installing RDKit in Google Colab>

The code above is one of the solutions from another article in stackoverflow on importing 'rdkit' in Google Colab, but it didn't work for me with this error message:

from rdkit import Chem

ImportError: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by /usr/local/lib/python3.7/site-packages/rdkit/DataStructs/cDataStructs.so) 

Does anybody know how to solve this ImportError: `GLIBCXX_3.4.26' not found problem? I sincerely need help! Big thx!

        

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La mejor respuesta
 

La respuesta que vinculó es un poco desactualizada ahora. Parece que también hay un problema con la instalación de la última versión de RDKIT (2020.09.3) en Colab. Instalar la versión anterior (2020.09.2) parece resolver el problema:

  %%bash wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local conda config --set always_yes yes --set changeps1 no conda install -q -y -c conda-forge python=3.7 conda install -q -y -c conda-forge rdkit==2020.09.2    

seguido de:

  import sys sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/') from rdkit import Chem   

Si debe instalar la última versión (2020.09.3), he encontrado una solución al agregar algunas líneas a la celda Bash:

  %%bash add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test apt-get update --fix-missing apt-get dist-upgrade wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local conda config --set always_yes yes --set changeps1 no conda install -q -y -c conda-forge python=3.7 conda install -q -y -c conda-forge rdkit   

Para hacer este trabajo, el tiempo de ejecución también deberá reiniciarse, solo agrego un intento / excepto alrededor de la importación RDKIT para reiniciar el tiempo de ejecución automáticamente:

  import sys sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')  try:   from rdkit import Chem   from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole except ImportError:   print('Stopping RUNTIME. Colaboratory will restart automatically. Please run cell again.')   exit()   

Colab Link para la primera solución: https: // Colab. Investigue.google.com/drive/1vhslgza7A_inmcbu-hg6go4m6axvbupi?ush=sharing

Colab Link para la segunda solución: https: //colab.research. google.com/drive/1ix0oyuu4ca1b2rd9jfkmhy8m2z5y_vtl?usp=sharing

 

The answer you linked is a little outdated now. Seems like there is also an issue with installing the latest build of the RDKit (2020.09.3) on Colab. Installing the older version (2020.09.2) seems to solve the issue:

%%bash wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local conda config --set always_yes yes --set changeps1 no conda install -q -y -c conda-forge python=3.7 conda install -q -y -c conda-forge rdkit==2020.09.2  

Followed by:

import sys sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/') from rdkit import Chem 

If you must install the latest build (2020.09.3), I have found a workaround by adding a few lines to the bash cell:

%%bash add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test apt-get update --fix-missing apt-get dist-upgrade wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local conda config --set always_yes yes --set changeps1 no conda install -q -y -c conda-forge python=3.7 conda install -q -y -c conda-forge rdkit 

To make this work the runtime also will need to be restarted, I just add a try/except around the rdkit import to restart the runtime automatically:

import sys sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')  try:   from rdkit import Chem   from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole except ImportError:   print('Stopping RUNTIME. Colaboratory will restart automatically. Please run cell again.')   exit() 

Colab link for the first solution: https://colab.research.google.com/drive/1vhsLgzA7A_INMcbU-hG6go4M6axvbUpi?usp=sharing

Colab link for the second solution: https://colab.research.google.com/drive/1Ix0oyUU4cA1b2rD9JfkMhy8M2z5Y_vTL?usp=sharing

 
 
 
 

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